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Premetto che non so quasi niente di musica e di chitarre, comunque sulla mia squier ho notato che se seleziono i pick up al ponte o al manico ho un suono più chiaro (ma anche un po' disturbato) mentre se scelgo il centrale ho un suono tipo vintage (cupo ma armonioso ma senza ronzii).
Mi sapete spiegare il perchè

Ti riferisci forse al suono dei pickup accoppiati? Mi spiego meglio, il suono che descrivi come cupo ma senza ronzii mi fa venire in mente le posizioni 2 e 4 del selettore, quelle appunto che attivano il pickup centrale insieme ad uno degli altri due, manico o ponte. L'assenza di ronzio è spiegabile, così come il suono più cupo, con il fatto che i pickup accoppiati suonano "humbucking". Il pickup centrale solitamente ha polarità inversa rispetto agli altri due, questo fa si che accoppiato a quello al manico o a quello al ponte formino insieme una  specie di "doppia bobina" con conseguente cancellazione del ronzio tipico dei single coil e suono più scuro.
in parole molto povere...

La posizione è la centrale (contando tutte e cinque) dello switch e di conseguenza non penso che sia accoppiata a nessuno.

Ok.
non saprei proprio a cosa possa essere dovuto, spiegare i suoni è sempre difficile e alla fine risutla essere un esercizio sterile, non capisco cosa intendi per suono tipo vintage. Ad ogni modo il suono della chitarra tende a scurirsi man mano che ci si avvicina al manico nella selezione dei pickup, questo è normale, ma tu dici che il centrale è piu scuro di quello al manico, hai provato a vedere se hanno una distanza adeguata dalle corde? Sulle squier capita spesso di trovare una regolazione pessima. Guarda la chitarra di lato e controlla l'altezza dei pickup, dovrebbe essere decrescente dal ponte verso il manico.